Allora, se i tuoi file sono tutti eseguibili diversi da linea di comando li compileresti separatamente.
In modo equivalente avresti diversi target di compilazione nell'IDE, ogni IDE qui chiama le cose in modo leggermente diverso quindi non saprei.
Invece se i tuoi file sono implementazioni ad esempio di classi usate nel main, da linea di comando li compileresti tutti insieme (oppure compileresti tutti i .o e dopo faresti il linking di questi, ma concettualmente è uguale).
In questo caso il progetto avrebbe un unico target di compilazione che si riferisce a tutti quei file.
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