La soluzione di scrivere il file direttamente da php è molto elegante, ma ha senso solo se il file deve avere un contenuto dinamico, cioè che dipende da parametri che saranno noti solo in fase di installazione (ad esempio l'url del cms).
Per rinominare il file invece esiste proprio una funzione rename() o qualcosa di simile (non ricordo a memoria le API del php), è una cosa molto semplice ma devi provvedere tu a scrivere il file htaccess prima di inviarlo sul server (magari fornendo all'utente un file semi-pronto con alcune cose da modificare a mano).
La soluzione del file da editare direttamente tramite php è utilizzata anche da CMS commerciali (come Wordpress o Joomla per citarne alcuni esempi famosi), ma è anche vero che altri cms (come mediawiki se non erro) necessitano di un file htaccess editato manualmente.
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