Per fare in modo che un'applicazione c# non appaia nella barra delle applicazioni è sufficiente scrivere all'interno della Main principale:

this.ShowInTaskbar = false;

se invece si desidera rendere il programma completamente invisibile bisogna scrivere:

using System;
using System.Windows.Forms;

namespace WindowsApplication1
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }

        private void button1_Click(object sender, EventArgs e)
        {
            this.Visible = false;
        }
    }
}

Nota bene: il programma appirirà però sempre nell'elenco dei processi del Task Manager