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Io uso di più jquery, anzi uso solo quello però ho provato anche prototype.
jQuery è ottimo per la sua community e la sua disponibilità di plugin e la sua facilità d'uso che non richiedono la conoscenza di javascript.
Prototype da a javascript la possibilità di usare le oop e le classi però non ha le animazioni e gli effetti che ha jquery.
jquery è fatto per tutti mentre prototype per chi necessità di quella facilità d'uso dovuta alla sua esperienza.
jQuery è aggiornata frequentemente e pesa sui 55 kb mentre prototype sui 90 kb.
jquery poi ha jquery ui un altra libreria ke pesa sui 400 kb con tutte le caratteristiche che serve per le animazioni e componenti già fatti per sviluppare web application coi controfiocchi mentre prototype ha script.aculo.us per le animazioni che non è degli sviluppatori di prototype mentre succede con jquery ui.
Poi c'è dojo che è come jquery ui ma con molte cose in più.
Questo sito usa prototype e script.aculo.us.
Adesso vedi te, se vuoi altri dettagli posta XD
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