ok window.open ti farà aprire l'url, ma eseguire in generale un comando su una shell vorrebbe poter anche dargli comandi come rm e simili, una cosa del genere sarebbe impensabile.
Cmq il discorso per linux, alla fine devi associare nelle preferenze del browser (immagino firefox) la giusta applicazione al protocollo smb, a questo punto basta un link che punta a quell'url e firefox saprà che bisogna far gestire la richiesta a una data applicazione.
forse in about:config hai modo di associare nautilus al protocollo smb.
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