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si, crei una risorsa binaria per ogni dll, all'avvio le carichi con tramite Assembly.Load (namespace Reflection), da lì poi chiami i metodi o istanzi le classi di cui hai bisogno. Ricordati però che essendo tutto in late binding non hai a disposizione l'intellisense.
Altra soluzione potrebbe essere linkare le librerie come se fossero nella stessa directory del programma mentre invece non ci sono, intercettare l'evento assembly load (o qualcosa di analogo non ricordo), in questo evento scompattare la/le dll dai resources e darle in pasto al clr.
In questo modo avresti anche l'intellisense mentre sviluppi.
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