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bouncy castle è slegato dalla gestione fisica poi dei dati.
se lavori con bc e poi con il framework JavaCard ti interfacci con la carta, inserendo e leggendo i dati non dovresti avere problemi.
Ho letto qualcosa su Java Card ma a quanto ho capito permette di caricare codice java sulla smart card..
Invece ho trovato quest'articolo http://www.developer.com/security/article.php/11580_3587361_1 che spiega come implementare un'applet java per la firma digitale con smartcard utilizzando il Sun PKCS#11 Provider.
Solo che io ho a che fare con Keystore di tipo Uber o IAIK mentre qui viene utilizzato il PKCS12.
Credete ci siano problemi a inserire e poi utiliazzare questi tipi di keystore nelle smart card?
penso basti configurare il tutto usando le librerie iaik e poi funziona.
alla fine nelle carta non metti semplicemente i byte finali?
poi una volta finito il processo di firma/verifica scrivi/leggi i risultati.