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per il doppio click basta associare il programma javaw.exe o java ai file .jar.
Attenzione però che i jar sono molto limitati come autoavvianti, ad esempio i programmi console non vanno e certe risorse (come immagini files ecc...) potrebbero non essere trovate se non caricare in un certo modo dal codice.
Quello che puoi fare durante i tuoi test è il bat o sh, e alla fine rilasciare un piccolo binario che faccia il controllo della presenza della JVM e avvii il tutto, senza che faccia tu questo binario a mano ci sono alcuni programmi che creano il wapper del jar, uno dei migliori è exe4j.
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