Il GriLayout in questo caso non centra nulla con il ScrollPane perchè il JPanel che ha come layout il GridLayout è contenuto nel ScrollPane; in questo caso stai creando una matrice 1000 righe per 1 colonna di JLabel se poi il JPanel devi inserirlo in una parte specifica del Container devi associare un layout al Container.... forse non ho capito cosa ti serve ..
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