Precisamente, ATMEL è una controllata della Microchip.
Ad ogni modo, mi pare che i due tipi di MCU differiscano per struttura (6 in linea per PIC, 3+3 per AVR) e posizionamento relativo dei pin di connessione ai programmatori. In base a come programmerai i tuoi dispositivi, questa differenza può anche essere irrilevante (per esempio, se hai i cavi adatti per collegare singolamente ciascuna uscita del tuo programmatore a ciascun pin puoi tranquillamente aggirare il problema).
Per quanto riguarda le applicazioni, i microcontrollori sono usati praticamente in tutto, ma hanno ovviamente dei limiti che li rendono inadatti ad andare oltre un certo punto, dal quale in avanti si preferiscono sistemi con microprocessore, che offrono maggiore potenza di calcolo, una maggiore memoria (tendenzialmente esterna: ricorda che le MCU integrano sostanzialmente tutto, mentre i microprocessori si avvalgono di componenti esterni)...
Comunque, trovi tutte le informazioni relative alla programmazione delle MCU sui rispettivi siti web e sui datasheet.
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